Eco-LOGICA fue creada en 1997 por un esfuerzo de la Asociación Nacional de Agricultura Orgánica (ANAO), por lo cual ha crecido a la luz de una base social comprometida con el desarrollo sostenible e integral del sector agropecuario. ANAO es una asociación sin fines de lucro.
Eco-LOGICA nació como respuesta a la necesidad de garantizar la legitimidad de los productos orgánicos, ofreciendo credibilidad al consumidor, así como protección y acceso al productor por medio de un servicio de calidad a un precio accesible.
Su primera actividad fue la Certificación de Sistemas de Producción Orgánicos constituyéndose en la primera certificadora registrada ante el Ministerio de Agricultura y Ganadería (MAG) de Costa Rica.
Posteriormente, Eco-LOGICA pasó a certificar para otros sellos o programas de Agricultura Sostenible.